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立體剖解顯微鏡最常見的用途為：礦(玉)石透析、金屬外貌分化、零件外貌比對、IC接腳檢查、晶圓電路研發(fā)、昆蟲生態(tài)記載、指紋判別...等遍及中選取，大局部考察不透光的物體。
與生物顯微鏡比起來，其樣本制作較方便，幾乎隨手可得，都可以觀看；

用于生物教學(xué)，會(huì)使課程更為生動(dòng)生動(dòng)，駕馭容易易上手，能幫忙學(xué)生培養(yǎng)對對科學(xué)的趣味，但由于利用范疇上的不同，立體與生物顯微鏡都是天然生物課程中不可或缺的主角也都無法被對方代替。